ARCHIVÉ - Conseil national de recherches Canada

Points :

1. Des progr�s commerciaux pertinents dans le domaine de la R-D en g�nomique li�e � la sant� humaine (par exemple, tests g�n�tiques, diagnostics, applications microbiennes de la g�nomique, traitement et pr�vention des maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et d�tection des pathog�nes)

1.1 Dispositifs int�gr�s permettant de diagnostiquer rapidement au point de service les pathog�nes en s'appuyant sur leur signature g�nomique. Le succ�s de ces appareils repose sur la cr�ation de micropuces de d�tection poss�dant la sensibilit� et la capacit� d'analyse requises pour permettre des d�cisions cliniques judicieuses. En 2008-2009, l'�quipe des biopuces a d�velopp� les conditions permettant simultan�ment l'amplification par la polym�rase et l'hybridation des mol�cules cibles sur les puces, ce qui permet la d�tection d'un pathog�ne gr�ce � la pr�sence de moins de cinq mol�cules de sa s�quence d'ADN, et ce, avec une pr�cision permettant de distinguer une discordance d'un seul nucl�otide. Ces progr�s portent la sensibilit� de la micropuce � l'int�rieur de la fourchette clinique utile de moins de dix mol�cules de pathog�ne par micropuce et repr�sentent une perc�e dans la concr�tisation de l'amplification par polym�rase, de l'hybridation et de la d�tection d'�chantillons en temps r�el.

1.2 En ce qui concerne le cancer, le projet de l'IGS a pour objectif de dresser une liste d'agents prot�iniques capables de cibler des tumeurs canc�reuses et qui pourraient �ventuellement servir � la cr�ation de m�dicaments contre le cancer. Le 7 juillet 2008, Alethia Biotherapeutics, une soci�t� canadienne de biotechnologie engag�e dans la recherche et le d�veloppement de m�dicaments dans le domaine des besoins m�dicaux non combl�s, a sign� une option en vue de l'acquisition d'une licence sur des anticorps monoclonaux sp�cifiques de la clust�rine (AcM) d�velopp�s par l'�quipe du projet. En 2008-2009, des �tudes sur des animaux vivants ont d�montr� que trois des anticorps de la clust�rine (AcM) r�duisent de mani�re importante la production de nodules m�tastatiques. De plus, on a r�ussi � isoler un peptide favorisant l'agglutination de la clust�rine qui a d�montr� son efficacit� comme agent d'imagerie optique des cellules tumorales dans des mod�les animaux. Une demande de brevet provisoire a �t� d�pos�e.

2. Augmentation de la valeur des cultures de c�r�ales, de f�ves de soya et de canola gr�ce � des am�liorations de la qualit� dans des domaines li�s � l'adaptation des plantes, au stress biotique et abiotique (par exemple, r�sistance aux maladies, tol�rance � la s�cheresse et au froid) ainsi que du d�veloppement des semences et des m�tabolismes (li�s notamment au contenu ol�agineux pour les biocarburants et les applications nutraceutiques)

2.1 Des chercheurs en g�nomique d'AAC ont obtenu des fonds de l'IRDG pour participer � un projet conjoint du Canada et de l'Allemagne. Un scientifique d'AAC et son coll�gue allemand ont codirig� un groupe de scientifiques canadiens et allemands venant de milieux universitaires, d'organismes publics et d'entreprises priv�es dans le but de trouver des solutions pour lutter contre la contamination du bl� au fusarium. La contamination au fusarium est un probl�me qui nuit � la culture des c�r�ales partout dans le monde et qui peut entra�ner des pertes importantes de rendement en plus de contribuer � l'accumulation de toxines dans le grain. L'�quipe utilise une combinaison de m�thodes de g�nomique et de s�lection pour mieux comprendre la maladie et d�velopper de nouvelles vari�t�s de bl� capables d'y r�sister pour les producteurs des deux pays. En 2008, � la suite des progr�s accomplis par l'�quipe dans l'�tablissement des types de bl� ayant une r�sistance accrue au fusarium, celle-ci a re�u un prix de la ville de Freising en Allemagne.

2.2 Au sein d'une �quipe de 23 chercheurs venant de 6 pays, des scientifiques d'AAC ont contribu� � la construction d'une carte physique du chromosome 3B du bl�, la premi�re �tape vers le s�quen�age du premier chromosome du bl�. La taille de chaque chromosome du bl� �quivaut approximativement � la taille du g�nome complet du riz, et le s�quen�age de son g�nome est donc un projet colossal. Le savoir-faire d'AAC en cartographie g�nique a �t� mis � contribution par des coll�gues de l'INRA (France) afin de classer plus de 1 400 marqueurs g�n�tiques du chromosome 3B, un travail pr�alable essentiel au classement de clones chromosomiques bact�riens artificiels (BAC) et de contigs, puis � la pr�paration des activit�s futures de s�quen�age du chromosome. Ces travaux ont fait l'objet d'un article dans la prestigieuse revue Science.

2.3 En 1975, un facteur de virulence important de la phytophtoriose des racines de la f�ve soya a �t� d�crit. Malgr� les nombreux efforts d�ploy�s au cours des 35 derni�res ann�es, nul n'a �t� capable d'identifier ce facteur de mani�re concluante jusqu'� ce que les scientifiques d'AAC �tablissent la s�quence g�n�tique et la description du facteur Avr1a en 2009. L'identification d'Avr1a s'ajoute � la liste croissante des facteurs Avr du soja qui ont r�cemment �t� identifi�s. Cette d�couverte des facteurs Avr a �t� rendue possible par des changements technologiques et notamment par les progr�s accomplis dans le s�quen�age des g�nomes et dans l'avancement du savoir que ces progr�s cr�ent. L'isolement du P. soja Avr1a est une r�ussite remarquable, compte tenu de sa longue histoire dans la pathologie mol�culaire des plantes, mais, encore plus important, l'identification des g�nes Avr dans le Phytophthora sojae contribueront au diagnostic des �l�ments pathog�nes et au d�veloppement de cultivars r�sistants pour l'une des cultures les plus importantes du monde. Cette information g�n�tique importante permettra l'�laboration d'une m�thode plus rationnelle de s�lection des plants de soja, de diagnostic et de d�ploiement des cultivars qui elle-m�me m�nera � une meilleure compr�hension des m�canismes de la maladie et de la mani�re dont il sera possible de la contr�ler.

2.4 Champignon pathog�ne � la source de maladies graves du bl�, de l'orge et du ma�s, le Fusarium Graminearum produit un certain nombre de m�tabolites toxiques ou de mycotoxines qui s'accumulent dans le grain infect�. S'appuyant sur une m�thode ax�e sur la prot�omique, les chercheurs d'AAC ont �t� en mesure d'identifier des centaines de prot�ines du fusarium pr�sentes lorsque le champignon est induit afin de synth�tiser ces mycotoxines. Les quantit�s relatives de 72 prot�ines ont augment� de mani�re importante avec l'induction des mycotoxines et ont fourni des pistes de solution dans la recherche des m�canismes et des marqueurs de la maladie et permis la d�couverte de nouvelles cibles antifongiques.

2.5 Le Sclerotinia Sclerotiorum est un pathog�ne n�crotrophe des plantes qui infecte d'importantes cultures agricoles dont le canola (Brassica Napus), le soya (Glycine max) et le tournesol (Helianthus Annuus) (Boland et Hall, 1994). Ce pathog�ne s�cr�te toute une batterie d'enzymes qui d�truisent le tissu des plantes : de la polygalacturonase (PG), des lyases de pectine, des m�thyles de pectine et des est�rases d'ac�tyle qui d�gradent la pectine des plantes. Le g�nome de la plupart des plantes comprend dans son code un ensemble limit� de prot�ines inhibitrices du polygalacturonase (PGIP) qui peuvent d�sactiver le polygalacturonase secr�t� par les pathog�nes. Les scientifiques d'AAC ont caract�ris� un ensemble diversifi� de 16 g�nes des PGIP du Brassica Napus. Plusieurs g�nes du BnPgip ont r�agi � l'infection au S. sclerotiorum ou � d'autres sources de stress et mol�cules de signalisation. Le grand nombre de g�nes des PGIP et les diff�rentes mani�res dont ils sont pris en charge assurent vraisemblablement que B. Napus peut r�pondre aux attaques d'un large spectre de pathog�nes et d'organismes nuisibles. Ces g�nes sont actuellement examin�s afin d'�tablir leur capacit� de cr�er de la r�sistance aux maladies caus�es par les pathog�nes fongiques.

2.6 Les baculovirus sont particuliers � certains insectes et il est av�r� qu'ils sont des agents efficaces de contr�le des insectes non nuisibles pour l'environnement et les humains. Comme les baculovirus ont �t� identifi�s dans de nombreux insectes ayant des retomb�es �conomiques importantes, ils repr�sentent une ressource importante dans le d�veloppement futur d'insecticides organiques. Le baculovirus Autographa Californica Nucleopolyhedrovirus est celui qui poss�de le plus large �ventail d'organismes h�tes connus. Les recherches ont port� sur les principaux g�nes que la g�nomique des baculovirus a identifi�s comme pr�sents dans toutes les esp�ces de baculovirus dont la s�quence g�n�tique a �t� compl�tement �tablie � ce jour. La conservation de ces g�nes laisse croire que ceux-ci jouent un r�le crucial dans la reproduction du virus. En produisant des virus o� ces g�nes (ac142 et ac143) ont �t� supprim�s du g�nome, nous avons d�montr� qu'ils sont essentiels � la reproduction du virus. L'un d'entre eux, le ac142, semble jouer un r�le essentiel dans le recrutement � m�me la membrane mol�culaire des particules de virus, une propri�t� unique du virus. Ces �tudes contribueront � une meilleure compr�hension de la base mol�culaire des maladies caus�es par les baculovirus et mener � une utilisation am�lior�e de ces agents naturels pour contr�ler les populations d'insectes.

2.7 L'�quipe du projet Huile biorenouvelable pour la nourriture et le carburant du CNRC travaille actuellement � la caract�risation de 29 g�nes qui pourraient jouer un r�le important dans l'am�lioration du rendement des cultures de canola. Les g�nes candidats d'�lite seront int�gr�s � la phase de pr�commercialisation. Cinq prototypes ont fait l'objet d'essais sur le terrain au cours de la premi�re ann�e en collaboration avec AAC. Comparativement aux populations de contr�le, les deux prototypes ont confirm� qu'ils am�lioraient la teneur en huile et un prototype a confirm� qu'il causait une floraison pr�coce et augmentait la taille des graines. Les r�sultats sommaires du programme comprennent la publication de 11 articles dans des revues � comit� de lecture, 18 autres publications, pr�sentations ou chapitres de livre et une demande de brevet. Les directeurs de ce programme ont �tabli une collaboration internationale formelle avec des chercheurs d'Allemagne, des Pays-Bas, de la Chine et de l'Inde dans des domaines directement li�s aux objectifs du programme.

3. Gestion durable des ressources aquatiques par le recours � des outils en g�nomique afin : de g�rer les dates d'ouverture de la saison des p�ches; de g�n�rer une meilleure compr�hension de la g�n�tique et de la structure des populations; d'approfondir la compr�hension des r�actions comportementales, physiologiques et immunologiques � l'environnement et par la gestion des maladies des animaux aquatiques

3.1 Gestion des dates d'ouverture de la saison des p�ches - Le MPO continue d'amasser de l'information afin de comprendre les modifications du comportement des stocks de poissons attribuables au changement climatique et � la pollution. Des outils de g�nomique, dont le profilage de l'expression des g�nes, sont actuellement utilis�s par le MPO pour d�terminer les changements physiologiques au cours de la migration pr�coce vers le cours d'eau d'origine, changement de comportement qui a �t� observ� chez le saumon rouge de montaison tardive du Fraser. Ces recherches contribuent directement � la gestion des dates d'ouverture de la saison des p�ches en s'appuyant 1) sur l'utilisation de la technologie fonctionnelle en g�nomique dans la gestion des p�ches, 2) sur l'utilisation d'organismes sauvages dans des projets de recherche �cologique � grande �chelle en g�nomique.

3.2 Meilleure compr�hension de la g�n�tique et de la structure des populations - S'ajoutant � des travaux ant�rieurs, plusieurs nouveaux projets ont �t� entrepris afin de comprendre la structure de la population de diff�rentes esp�ces d'importance socio�conomique dont le saumon sauvage, le capelan, le s�baste, l'omble de l'Arctique et le b�louga.

3.3 Approfondissement de la compr�hension des r�actions comportementales, physiologiques et immunologiques � l'environnement - Des biomarqueurs pr�dictifs sont actuellement mis au point pour surveiller les g�nes pertinents, ce qui permettra aux gestionnaires de pr�voir, avant le d�but de la saison, le comportement migratoire ainsi que le taux de survie du saumon du Pacifique et, ce faisant, de surveiller les effets du changement climatique et de la pollution.

3.4 Gestion des maladies des animaux aquatiques - Le MPO continue d'�tudier les maladies des animaux aquatiques d'importation, comme la fonction immune du saumon et la r�sistance au virus de l'an�mie infectieuse du saumon (AIS), un pathog�ne important du saumon de l'Atlantique. Les m�canismes viraux menant � la mort des poissons ou � leur survie et � leur r�sistance ne sont pas bien compris au niveau immunitaire et mol�culaire. Un autre projet vise � utiliser la g�nomique fonctionnelle pour caract�riser les r�actions des salmonid�s au pou du saumon, un parasite qui cause bien des pr�occupations aux �leveurs de saumons du Pacifique.

3.5 Surveillance et att�nuation des effets des contaminants environnementaux, y compris les esp�ces envahissantes - De nouveaux projets ont �t� entrepris pour surveiller et att�nuer les effets des contaminants environnementaux. Un projet vise � caract�riser les populations microbiennes de l'eau extraite et leur influence sur la communaut� microbienne dans l'environnement marin autour de la plateforme de production p�troli�re Hibernia. Un autre projet se penche sur l'application de marqueurs g�n�tiques afin de r�soudre les probl�mes d'identification des esp�ces et de structure des populations des esp�ces invasives de tuniciers.

4. Positionnement du syst�me de r�glementation canadien en sant� de mani�re � permettre l'innovation tout en minimisant les risques pour les Canadiens gr�ce � un programme de R-D en g�nomique cibl�e visant � accro�tre la capacit� du Canada dans des domaines prioritaires comme l'information g�n�tique, les produits biotechnologiques, la g�nomique humaine et microbienne ainsi que la sant� humaine, animale et environnementale

4.1 G�nomique mol�culaire appliqu�e � l'�valuation des risques caus�s par les rayonnements : Des syst�mes d'exposition personnalis�e sp�cialis�s ont �t� construits et caract�ris�s pour les champs de radiofr�quence (RF) et les rayons alpha dans le cadre de ce projet. L'expression g�n�tique diff�rentielle a �t� �valu�e sur trois lign�es cellulaires d�riv�es de cellules humaines apr�s exposition � des rayons alpha. Une liste des g�nes r�agissant aux rayons alpha a �t� g�n�r�e et valid�e par la technique de l'ADNc-PCR.

4.2 Applications de la toxicog�nomique et de la prot�omique en sant� environnementale. Identification de biomarqueurs et de leurs effets sur les carcinog�nes mutag�niques dans des matrices environnementales. La d�tection de l'expression g�n�tique r�agissant � de faibles concentrations de gaz d'�chappement de diesel (SRM 1650b) au moyen de micropuces � haute densit� est termin�e et l'analyse de bio-informatique est en cours. De plus, des cr�dits accord�s � la g�nomique sont utilis�s pour former d'autres employ�s de SC. Treize prot�ines ont �t� identifi�es dans des biomarqueurs potentiels de l'exposition � des carcinog�nes mutag�niques dans des matrices environnementales complexes. La confirmation et la validation de la m�thode sont actuellement � l'�tude.

4.3 D�veloppement et validation d'outils toxicog�nomiques et d�marches ax�es sur des syst�mes biologiques int�gr�s dans la r�glementation de la toxicologie : confirmation et validation des changements d'expression g�n�tique mesur�s � la suite de l'administration de faibles doses (environnementalement pertinentes) et d�veloppement plus pouss� du NOTEL (pas d'effet observable au niveau de la transcription) dans des doses inf�rieures � celles n�cessaires pour induire des changements histologiques ou biochimiques. Les m�thodes de recherche suivantes ont �t� d�velopp�es pour identifier les biomarqueurs et les �tudier. Validation technique de micropuces d'ARN : corr�lation entre plateformes, stockage des �chantillons, d�veloppement de programmes de contr�le et d'assurance de la qualit� et analyse statistique. Validation biologique de mutations in vitro pour la s�lection de lign�es cellulaires (FE1) au moyen de micror�seaux d'ADN - comparaison de la r�action in vitro par rapport � la r�action in vivo. �tablissement de l'activit� biologique et des similitudes et des diff�rences des cellules in vivo afin d'am�liorer l'interpr�tation des donn�es acquises lors de l'observation des syst�mes in vitro. Utilisation de la m�thode ChIP-chip pour identifier les r�gions de l'ADN qui lient les r�cepteurs thyro�diens dans le cerveau de souris en d�veloppement. De nouveaux essais sur des g�nes rapporteurs sont en cours de d�veloppement afin d'identifier certains produits chimiques qui agissent pendant l'interruption du fonctionnement des TH. Exploration des effets sur la sant� cardiopulmonaire de nanoparticules inhal�es in utero (en continu) et chez l'adulte, et induction de r�actions en phase aigu�.

4.4 Des recherches sur les r�actions g�n�tiques des cellules �pith�liales du c�lon aux fibres alimentaires se sont amorc�es. Les changements qui se sont manifest�s dans les bact�ries intestinales serviront � d�terminer quelle influence ces changements peuvent avoir sur les r�actions colonocytes. Ce travail est aussi porteur de d�veloppements m�thodologiques pour des travaux ult�rieurs sur ce syst�me.

4.5 Des lign�es cellulaires exprimant un certain nombre de prot�ines virales immunomodulatoires ont �t� construites. Parmi les prot�ines exprim�es, mentionnons la prot�ine NS1 du virus de l'influenza et les prot�ines HCV NS3/NS4a. L'expression g�n�tique de micro-ARN a �t� d�termin�e pour ces lign�es cellulaires et un certain nombre de micro-ARN d�r�gl�s ont aussi �t� identifi�s. Les micro-ARN exprim�s par des microglies dans le cerveau de souris infect�es par des prions ont aussi �t� identifi�s. Les cibles potentielles d'un de ces micro-ARN ont �t� identifi�es au moyen d'une combinaison d'analyses g�nomiques fonctionnelles.

4.6 Des prototypes de g�nes et des dosages sur micror�seaux pour �tablir le g�notype d'�chantillons de Campilobacter jejuni ont �t� d�velopp�s et test�s et sont actuellement d�ploy�s pour effectuer une analyse �pid�miologique mol�culaire de diff�rents ensembles de donn�es et utilis�s pour enqu�ter sur la variabilit� du g�nome dans des isolats virulents de C. jejuni qui sont tr�s courants dans les cas cliniques humains.

4.7 Des travaux ont �t� entrepris pour g�n�rer, r�sumer et traduire le nouveau savoir sur la g�nomique humaine et les pathog�nes et dans les sciences connexes (prot�omique, transcriptomique, bio-informatique, etc.) afin de resserrer la surveillance des maladies infectieuses, les pr�venir et les contr�ler au moyen de certaines applications (diagnostics, �valuation des risques mol�culaires, vaccins, strat�gies d'intervention, att�nuation de la r�sistance antimicrobienne) et afin de d�velopper des applications pour diagnostiquer et pr�venir les maladies et promouvoir la sant� par une s�lection g�n�tique pr�dictive ou une modulation des interactions g�ne environnement.

5. Connaissance accrue du ph�nom�ne de r�g�n�ration des for�ts et des m�thodes de protection de la for�t ainsi que sur les m�thodes d'att�nuation des retomb�es environnementales gr�ce � un effort cibl� de R-D en g�nomique sur certaines esp�ces et sur les caract�ristiques qui sont d'une importance �conomique pour le Canada

5.1 La production de m�thodes de contr�le biologique efficaces fond�es sur la g�nomique exige la compr�hension des interactions entre l'h�te et le pathog�ne. De nouvelles ressources en g�nomique ont �t� cr��es par les chercheurs du SCF pour lutter contre deux organismes nuisibles indig�nes et un organisme nuisible �tranger envahissant. Huit biblioth�ques d'ADNc ont �t� ainsi cr��es : une pour le lymantrid� blanc, deux pour l'arpenteuse de la pruche et cinq pour l'agrile du fr�ne. D'autres recherches sur des esp�ces d'organismes nuisibles ont permis de d�couvrir l'existence de microsporidies, un groupe d'insectes pathog�nes unicellulaires du dendroctone du pin ponderosa dans quatre des dix lieux de collecte et au sein d'une population d'agriles. Plusieurs isolats de pathog�nes fongiques ont �t� d�couverts dans des collections au champ de dendroctones du pin ponderosa venant d'anciens sites infest�s. De plus, des amorces ont �t� d�velopp�es pour diff�rents virus d'esp�ces de col�opt�res.

5.2 Les premi�res preuves d�montrent que la co�volution d'insectes et de leur virus entra�ne une cod�pendance des prot�ines en interaction pour initier et installer l'infection dans l'organisme h�te. Des recherches sur le virus d�riv� de l'occlusion de la tenthr�de du sapin baumier ont men� � l'identification de 18 prot�ines dont 3 sont enti�rement nouvelles.

5.3 S'appuyant sur le relev� du g�nome effectu� par des scientifiques de RNCan en 2007-2008, une analyse du QTL (locus quantitatif) a �t� effectu�e et il a �t� �tabli que l'�closion des bourgeons, le bourgeonnement et les caract�res de croissance sont surtout contr�l�s par les r�gions g�nomiques 7, 14 et 9 respectivement. Les r�sultats de l'analyse du QTL sont en voie d'�tre pr�cis�s au moyen d'analyses d'association. Une carte g�n�tique � haute densit� de l'�pinette blanche est en cours d'�laboration afin de positionner 1 800 des 28 000 g�nes (identifi�s dans le cadre du projet Arborea). Cette carte servira de point de d�part � l'�laboration d'une carte physique de l'�pinette.

5.4 En ce qui concerne l'�pinette blanche, 214 g�nes candidats ont �t� �valu�s comme hautement prioritaires et sont actuellement utilis�s pour faire de la recherche sur des variantes dans des �tudes d'association. Les �tudes exploratoires ont identifi� 6 � 20 PNS associ�s d'assez pr�s � l'un des 25 caract�res du bois sur lesquels porte la recherche. Des amorces d'�pinette blanche ont �t� test�es sur l'ADN de l'�pinette noire, permettant d'identifier plus de 1 800 PNS. Les amorces ont �t� con�ues pour des g�nes candidats li�s � la formation du bois.

5.5 En 2008-2009, on a d�couvert de nouvelles interactions entre le pin blanc et la rouille v�siculeuse et on a identifi� des prot�ines et des g�nes associ�s � la r�sistance � la maladie. En collaboration avec le USDA-FS et le minist�re des For�ts de la Colombie-Britannique, plusieurs g�nes candidats du pin blanc ont �t� soumis � des recherches visant � trouver des polymorphismes nucl�otidiques simples (PNS) et � associer g�n�tiquement ces PNS aux ph�notypes associ�s � la r�sistance dans de multiples familles de pin blanc dont le ph�notype est connu pour exprimer une r�sistance quantitative. La recherche sur le douglas de Menzies a permis d'identifier des prot�ines li�es aux m�canismes de d�fense des racines infect�es par la carie jaune annel�e. D'autres tests sont en cours sur 45 g�nes ayant une fonction pathog�ne potentielle.

6. D�veloppement d'applications en g�nomique afin d'appuyer les activit�s de r�glementation et d'application de la loi dans des domaines cl�s comme les �valuations de risques environnementaux et la gestion de ces risques; l'application et la conformit� � la r�glementation; la d�tection, la surveillance et la pr�vention de la pollution; la conservation et la g�n�tique de la faune; les pr�visions technologiques et les �valuations et le d�veloppement responsable et durable ainsi que l'utilisation des produits biologiques et de processus industriels

6.1 En 2008-2009, EC a fait des progr�s significatifs dans l'application des outils et des donn�es g�nomiques g�n�r�s dans le cadre de l'IRDG. Au moyen des cr�dits accord�s � cette derni�re, EC a notamment d�velopp� une technique permettant d'effectuer sur place des tests sur la pathog�nicit� et la toxicit� de substances microbiennes dans les sols, ce qui a contribu� � la validation d'un nouveau guide national produit en vertu de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement. EC a �galement d�velopp� et appliqu� des m�thodes g�nomiques dans ses recherches sur la toxicit� de certains contaminants environnementaux sur les communaut�s microbiennes aquatiques. Ces recherches ont men� � l'application d'outils et de m�thodes d'�valuation des substances prioritaires et des contaminants en �mergence, comme les produits de soins personnels et les produits pharmaceutiques. Les recherches men�es par EC sur la faune ont g�n�r� des donn�es scientifiques (g�nomiques) sur lesquelles les d�cisions de conservation et de gestion de la faune (notamment des esp�ces d'oiseaux suivantes : paruline polyglotte, population d'oies de l'Ontario, les pies-gri�ches migratrices, etc.) ont �t� fond�es (tant au niveau provincial que f�d�ral).

6.2 En 2008-2009, EC a eu recours � de nombreuses m�thodes environnementales fond�es sur la g�nomique :

• Application de la g�nomique � la surveillance des sources microbiennes : identification de marqueurs g�n�tiques particuliers dans le cadre de la lutte contre la pollution des milieux aquatiques caus�e par les mati�res f�cales animales.
• Application de la g�nomique aux �valuations de risques environnementaux.
• Validation d'outils g�nomiques servant � pr�dire les effets environnementaux : r�action des poissons aux s�diments contamin�s.
• �laboration et validation d'un r�seau �cotoxicog�nomique pour le homard (�tablissement de corr�lations entre le profil d'expression g�n�tique et les points finaux toxicologiques conventionnels de l'exposition � des contaminants, les effets histologiques et les changements comportementaux.
• S�curit� environnementale de la biotechnologie � l'�gard des �cosyst�mes aquatiques : effet des cultures transg�niques et de consortiums de bact�ries commerciales pour les invert�br�s aquatiques.
• Application de la g�nomique � la surveillance de la sant� et des activit�s des communaut�s microbiennes dans les sols contamin�s et les environnements riverains soumis � des stress.
• Technologies d'expression g�n�tique : application de la g�nomique � la toxicologie de la faune.
• Application des m�thodes de la g�nomique et mesure au point final pour des tests toxicologiques aquatiques et la surveillance des effets environnementaux.
• D�veloppement et application de nouvelles techniques ax�es sur la g�nomique pour la d�tection des microorganismes environnementaux et l'�valuation de la toxicit� chronique des eaux us�es.
• D�veloppement et normalisation des m�thodes d'essai s'appuyant sur des techniques de g�nomique environnementale.
• Comportement reproducteur et histoire de la population de la paruline polyglotte, un oiseau qui figure sur la liste des esp�ces prot�g�es en Colombie-Britannique.
• �tablissement de techniques d'�valuation mol�culaires des maladies infectieuses en �mergence chez les organismes amphibiens autochtones : comparaison des techniques d'�chantillonnage et de laboratoire.
• Diversit� g�n�tique comparative des pies-gri�ches migratrices sauvages et de celles vivant en captivit�
• G�n�tique de la conservation de l'oc�anite cul-blanc.
• Caract�risation g�n�tique de souches de Pasteurella multocida isol�es � partir d'�ruptions de chol�ra aviaire � grande �chelle partout au Canada.
• Discrimination dans la r�colte d'oies de l'Ontario au Canada.
• Caract�risation et s�quen�age du virus de l'influenza aviaire chez les oiseaux de l'Est de Terre-Neuve.
• Hybridation entre les loups ordinaires de l'Est (Canis lupus lycaon) et d'autres canid�s : exemple d'�volution contemporaine dans les paysages modifi�s par l'homme.