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Le Secrétariat du Conseil du Trésor du Canada (le Secrétariat) est l'organe administratif du Conseil du Trésor. Le président du Conseil du Trésor et ministre responsable de l'Initiative fédérale du développement économique dans le Nord de l'Ontario (FedNor) est responsable de l'organisation. Le Secrétariat appuie le Conseil du Trésor en formulant des recommandations au sujet des politiques, des directives, des règlements et des dépenses de programme, et ce, tout en respectant le fait que la gestion des organisations relève en premier lieu des administrateurs généraux, qui, à titre d'administrateurs des comptes, sont responsables devant le Parlement. Ce faisant, le Secrétariat renforce la manière dont le gouvernement est géré et aide à veiller à ce que les deniers publics soient dépensés de manière optimale et à l'obtention de résultats pour les Canadiens.
Le Conseil du Trésor est un comité de ministres du Cabinet qui a été mis sur pied en 1867. Il surveille les responsabilités du gouvernement en matière de finances, d’administration et de gestion des ressources humaines, et établit les politiques régissant chacun de ces secteurs. De plus, le Premier ministre a désigné le Conseil du Trésor pour agir à titre de comité du Conseil privé de la Reine en ce qui concerne l’examen et l’approbation des règlements et de la plupart des décrets. À titre de conseil de gestion du gouvernement, le Conseil du Trésor assume les trois principaux rôles suivants :
Le Secrétariat formule des recommandations et appuie le Conseil du Trésor dans chacun de ses rôles (voir l'encadré « Rôles du Conseil du Trésor »).
Au sein du Secrétariat, le contrôleur général du Canada assure l'orientation, le leadership, la surveillance et le renforcement des capacités en matière de gestion financière, de vérification interne et de gestion des services acquis et des actifs à l'échelle du gouvernement.
Le dirigeant principal des ressources humaines oriente la gestion des personnes dans l'ensemble de l'administration publique centrale en élaborant des politiques et des programmes sur les milieux de travail et les effectifs, en assurant la gestion centrale des relations de travail, de la rémunération et des régimes de retraite et d'avantages sociaux, et en veillant au perfectionnement du leadership au sein de la haute direction.
Le dirigeant principal de l'information assure quant à lui le leadership, l'orientation, la surveillance et le renforcement des capacités à l'échelle du gouvernement en ce qui concerne la gestion de l'information, la technologie de l'information, la sécurité du gouvernement (y compris la gestion de l'identité), ainsi que l'accès à l'information, la protection des renseignements personnels et la prestation des services internes et externes.
Le Secrétariat et l'École de la fonction publique du Canada forment le portefeuille du Conseil du Trésor. L'Office d'investissement des régimes de pensions du secteur public, le Commissariat au lobbying du Canada et le Commissariat à l'intégrité du secteur public sont des organismes indépendants qui rendent compte au Parlement par l'entremise du président du Conseil du Trésor.
Dans le cadre de sa collaboration avec les ministères, les organismes et les sociétés d'État, le Secrétariat joue trois rôles à titre d'organisme central, à savoir :